Le 13 avril 1996, en demi-finale de la Coupe de France, l’AJA élimine l’Olympique de Marseille au stade Vélodrome lors de la séance des tirs au but. Son siège est situé au stade de l’Abbé-Deschamps à Auxerre. Ses premiers articles, certainement encouragés par ses aînés comme le docteur Edmond Locard ou le romancier Max-André Dazergues, sont publiés anonymement dans le journal dès 1939. Enfin journaliste, le métier qui l’attire depuis longtemps, il passe à l’écriture à proprement parler et publie fin octobre 1940 son premier livre La Peuchère (une nouvelle paysanne, ainsi que la qualifiera son éditeur Marcel Grancher), son premier vrai roman, Monsieur Joos, récompensé par le premier Prix Lugdunum décerné sur manuscrit lui apportant enfin en mars 1941 la notoriété. Il débute deux jours plus tard à domicile contre l’Olympique lyonnais et inscrit le premier de ses quatre-vingt-quatorze buts en Division 1. Pour sa première saison en Division 1, l’AJ Auxerre réussit deux performances : le 13 décembre 1980, elle s’impose au Parc des Princes contre le Paris Saint-Germain Football Club (3-2), puis le 7 avril 1981, l’AJ Auxerre s’impose au stade Marcel-Saupin contre le Football Club de Nantes (1-0), qui n’a plus perdu un match à domicile depuis cinq ans et quatre-vingt-douze matchs (invincibilité allant du 15 avril 1976 au 7 avril 1981), en omettant deux matches en Coupe d’Europe : le 13 septembre 1978, défaite du Football Club de Nantes face au Benfica Lisbonne (0-2) et le 19 mars 1980, défaite face au Dynamo Moscou (2-3). L’AJ Auxerre termine à la dixième place du classement final.
Au match retour, Auxerre s’incline 1-0 et se qualifie pour la demi-finale qui oppose l’AJ Auxerre au Borussia Dortmund. Cette déclaration à propos d’Ounahi vaut au joueur une certaine exposition aux yeux des spectateurs de l’édition Coupe du monde 2022. En quarts de finale face au Portugal de Cristiano Ronaldo, Ounahi livre à nouveau une remarquable prestation dans une victoire de 1-0 signé Youssef En-Nesyri. Il ouvre le score et délivre une passe décisive à Di María en quart de finale face aux Pays-Bas (2-1 a.p.), puis les Argentins éliminent sèchement le Brésil de Ronaldinho en demi-finale (3-0). La finale se déroule sous une chaleur accablante dans le Stade national de Pékin. Le 20 février 2011, le PSG subit une première désillusion en étant éliminé en 16e de finale du Challenge de France contre Vendenheim (D2). La saison 1984-1985 voit Auxerre découvrir la Coupe d’Europe pour la première fois de son histoire en participant à la Coupe UEFA. L’AJ Auxerre est également remarquée pour son affluence à l’extérieur dans les espaces visiteurs. En 1991-1992, Auxerre est éliminée en seizième de finale de la Coupe UEFA par Liverpool puis termine quatrième en division 1. Cet été 1992, l’AJ Auxerre vend Alain Roche, Jean-Marc Ferreri tout en recrutant Frank Verlaat, maillot olympique de marseille Gérald Baticle et Moussa Saïb. Auxerre termine quatrième en 1986-1987, se fait éliminer encore une fois au premier tour de la Coupe UEFA la saison suivante : défaite 2-0 en Grèce contre le Panathinaïkos puis victoire trop courte au retour 3-2. La saison 1988-1989 voit l’AJ Auxerre terminer cinquième en championnat et atteindre les demi-finales de la Coupe de France où elle est éliminée par l’Olympique de Marseille, futur vainqueur de l’épreuve. Lors de la saison 2015-2016, Auxerre termine dans le ventre mou du championnat, à la 8e place.
L’AJ Auxerre participe alors aux championnats départementaux. Malgré un rebond fin décembre 2018-début janvier 2019 où l’AJ Auxerre bat successivement le Grenoble Foot 38 4-0, le Gazélec Ajaccio 4-0 et l’US Orléans 3-0, le club est pointé à la 14e place avec seulement 6 points d’avance sur le barragiste à l’issue de la 29e journée. Auxerre est alors à égalité de points avec Avignon (quarante-deux points) et reçoit l’AS Cannes, troisième du groupe avec quarante points. Lors de la saison 2021-2022, contrairement aux saisons précédentes, l’AJA ne produit pas de troisième maillot. Au cours de cette saison l’AJA compose avec de nombreux blessés. Au cours de cette période, l’AJA s’impose notamment au Parc des Princes face au PSG (3-2) et surtout écarte l’Ajax Amsterdam 2-1 lors de la 4e journée de la Ligue des champions. Le 1er novembre 2015, il inscrit son premier but en championnat avec l’OM face à ses anciens coéquipiers du FC Nantes pour une victoire un but à zéro. Son rôle a été coupé au montage où elle a été remplacée par Geneviève Morel. 62. 14 novembre 2017 RheinEnergieStadion, Cologne, Allemagne Allemagne 2 – 2 Titulaire et remplacé par Steven Nzonzi à la 64e minute de jeu. 58. 9 juin 2017 Friends Arena, Solna, Suède Suède 2 – 1 Éliminatoires de la Coupe du monde 2018 Titulaire. La concurrence s’accroit également en défense avec l’émergence du néo-champion du Monde Presnel Kimpembe et du jeune espoir Thilo Kehrer. Avec seulement 28 buts encaissés à une journée de la fin, le gardien espère une sélection comme troisième gardien pour la coupe du monde 2006. Mais les statistiques sont largement détériorées après la correction huit buts à un, subie par les mucistes à Gerland lors du dernier match de la saison, il encaisse 3 buts et se fait remplacer à la 36e minute par Rodolphe Roche.
Lors de l’été 1990, l’AJ Auxerre vend Basile Boli et recrute Enzo Scifo, Alain Roche et Zbigniew Kaczmarek. Dans les années 1980 et 1990, l’AJA est célèbre pour sa tactique : le 4-3-3. Auxerre met en place ce système dès sa montée en Division 1 en 1980. Mais durant les cinq premières saisons, le 4-3-3 à l’auxerroise ne s’appuie pas sur de vrais ailiers : Remy, Lanthier, à gauche et Danio, Geraldes à droite sont en réalité des milieux offensifs excentrés. En 1990, le centre s’agrandit avec la création d’un centre d’hébergement pour les 15-16 ans. Fort d’un groupe qui se connait depuis plusieurs saisons et d’un 4-4-2 bien rodé, l’AJ Auxerre déjoue les pronostics grâce à un but de Cédric Hengbart dans le temps additionnel de la dernière journée à Sochaux. L’AJ Auxerre termine donc 3e derrière Marseille et Lyon, gagnant le droit de disputer le barrage de la Ligue des champions. En 1994, maillots om les tribunes Vaux et Leclerc (derrière les buts) sont remplacées par des constructions modernes. Grâce à deux buts avant la mi-temps, de Karim Ziani à la 12e minute et Mamadou Niang dans le temps additionnel de la première période sur pénalty, l’OM file tranquillement vers la victoire. L’équipe est rattachée à l’Olympique lyonnais depuis l’été 2004. À noter que le FC Lyon possède à nouveau une section féminine depuis 2009. En 2007, pour la première fois, l’équipe championne de première division masculine est la même que l’équipe victorieuse de première division féminine. Cela faisait depuis 2004 que Nantes n’avait pas fini parmi les dix meilleures équipes françaises.